Bratje pogosto vodimo tudi duhovne vaje. Mnogokrat raznim skupinam po župnijah kjer delujemo, radi pa sprejmemo tudi posameznike, ki se želijo za nekaj dni umakniti v tišino in molitev. Posebno pozornost namenjamo duhovnim vajam v tišini na Frančiškov način. Take duhovne vaje potekajo v tihoti, ki omogoča udeležencem priložnost za globljo molitev. Vsak udeleženec skupaj s spremljevalcem prehodi svojo pot.